最常見的生物性食品檢驗，是檢驗食品中可能存在的細菌、黴菌等微生物，如手搖杯飲料及冰塊常檢驗所含的細菌數、大腸桿菌(群)，用餐後上吐下瀉等發生食品中毒事件時，常檢驗中毒患者曾經食用的食品是否含有讓人生病的微生物(稱病原性微生物)，這類微生物像是禽畜產品中常見有沙門氏桿菌污染；未妥善清洗乾淨的蔬果或米飯常有仙人掌桿菌污染；水產品常有腸炎弧菌污染，或是廚房工作人員的個人衛生習慣不良或手部傷口而使食品在調理過程中遭病原性大腸桿菌及金黃色葡萄球菌污染。​